现代食品加工方式及包装、防腐剂等，使天然饮食中摄入益生菌的数量少。
大龄生育、剖腹产率高、母乳喂养不足、人工喂养等使孩子先天益生菌获得不足或被破坏。婴儿顺产时会自然接触母体的多种微生物，包括益生菌，在婴儿期和幼儿期不断接触益生菌有助于促进成年免疫系统的健康和应答能力。
母乳中含有活性益生菌，而大部分配方奶粉不含有这些成分。国外研究者从母乳中分离出源自益生菌的类抗生素（细菌素），此物质能预防婴儿胃肠道感染。
居住环境不理想、污染严重、居民用水的工业化处理影响体内益生菌生长及功效。
益生菌对宿主压力状况敏感，生活快节奏、紧张和压力影响体内激素水平，进而降低益生菌数量。
现代饮食大量精细碳水化合物和糖类促进有害菌生长，抑制益生菌繁殖，高脂、少果蔬和杂粮的饮食削弱益生菌活性。
因为疾病过多使用药物，口服避孕药，抗生素地滥用，都在减少着益生菌数量。抗生素在带给人们感染治疗奇迹的同时，也促使细菌更聪明的反抗，这就是细菌的耐药与抗药。
“总有一天，80~90%的感染症会对所有现存的抗生素产生抗药性。”——哈佛诺贝尔生理和医学奖得主吉波教授如是说。
旅行频繁，因各地环境和饮食微生物菌群种类、数量不同出现菌群失调，表现为腹泻等水土不服症状。
对照上面的描述，估计很多人就知道自己是不是属于需要关注益生菌补充的人群了。