当我们想到细菌时，在我们的文化中，我们主要想到的是病原体，并使用洗手液、肥皂和家用清洁剂来保护自己免受它们的伤害，比如沙门氏菌、志贺氏菌、假单胞菌、霍乱弧菌和艰难梭菌等等。它们可以以一己之力压倒我们的健康，导致急性或慢性疾病。有些细菌具有极强的毒性，能引起突然而剧烈的疾病。我们的身体会对有毒细菌产生反应，导致腹泻、发烧、食欲不振和呕吐，这是身体在试图将它们清除出去。大多数致病性微生物在人体正常体温下会大量繁殖，而发烧则会使它们过热而死亡。
有些细菌会产生比细菌更容易导致炎症的毒素。许多病原体的毒性较弱，会导致很微妙的症状，我们通常会与之共存。然而，引起慢性疾病的细菌通常也是低毒性的，它们通常在我们所有人体内都有少量存在，而且一直被认为是无害的，它们通常处于有益细菌的控制之下。但是，当它们有机会大量繁殖时，它们可以而且确实会导致疾病。
健康的肠道微生物群落就像一个隐形的器官，它是免疫系统的主要部分，它保护我们免受致病性微生物和寄生虫的侵袭，影响药物效果，影响我们是胖是瘦、是喜是悲，决定我们的营养状况和整体健康。肠道微生物也会间接影响身体每一个器官系统，我们身体百分之九十九的新陈代谢依赖于我们的共生微生物，包括我们的线粒体产生多少能量。